目的なし！思想なし！主張なし！前代未聞の宇宙列車スペクタクルアニメがついに漫画化！強化人間・千春とサイボーグ・マキナが、銀河間交通法違反で逮捕される。時を同じくして、強化人間・アカネとカナタ、サイボーグ・クルトとマックスという異色のコンビも逮捕される。警察官・リョウコは、彼らに「社会奉仕」と称して、惑星間特急列車「ミルキィ☆サブウェイ」の清掃を命じる。一見簡単な任務に見えたこの任務は、やがて大規模な銀河間災害へと発展していく！